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绘制阿片类药物流行如何引发HIV爆发

鸦片类药物泛滥

以前,遗传数据已用于追踪HIV。但是现在,该技术已用于实时绘制HIV爆发图。

美国东部时间2018年1月22日下午4:03

当人们于2014年开始到印第安纳州奥斯汀的威廉·库克博士的初级保健办公室露面时,库克知道这可能与该地区的阿片类药物流行有关。但是他和其他公共卫生界不知道的是他们失踪的人或艾滋病毒爆发已经持续了多长时间。

现在,他们有了更清晰的画面-从字面上看。在发布的可视化作品中 传染病杂志,点和线定义了印第安纳州HIV爆发的星座。通过基因测序,他们可以显示爆发已经持续了多久,以前没有通过传统方法联系过的人,并展示了病毒是如何从缓慢传播的感染跳到通过针头共享等迅速传播的病毒的,较小的亚流行病。

以前,遗传数据已用于追踪HIV。但是现在,该技术被用于实时绘制HIV爆发图,将分子量提供给公共卫生官员使用了数百年的追踪和制止病毒爆发的现场采访。奥斯汀重建就是可以做的一个例子。

疾病控制和预防中心艾滋病毒/艾滋病预防科的高级医学顾问约翰·布鲁克斯说:“这是一种将新感染率降至零的工具。” “我们拥有以下工具: 治疗使传播减少到几乎为零。我们有 预防...现在我们知道了如何找到人。”

CDC发布的数据1月12日 研究表明,去年有四分之一的注射毒品的人重复使用针头,并且许多人没有进行艾滋病毒检测,因此新数据特别相关。

测试未来的地图

可视化不是典型的地图。空间没有边界。相反,他们使用颜色,线条和点来映射连接,社区和时间。

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这些地图经历了两次迭代,将传统的鞋革流行​​病学与艰苦的采访与被卷入疫情的每个人进行了艰苦的采访联系起来,称为接触追踪,以追踪病毒的演变。

采访使人们对疫情有了一个愿景:大量红色和蓝色的点簇聚集在一起,代表感染艾滋病毒的人和有感染风险但仍呈阴性的人。一些圆点是红色的,代表艾滋病毒感染者和多位高危人群。其他人则更接近准确的地方-红色和蓝色-向人们展示了风险较低但也生活在爆发范围内的人们。有些离群值只有一个或两个连接,质量较大,但这是连接和风险的基本差异。

CDC计算生物学家,该论文的主要作者Ellsworth Campbell说,这是因为与人对人的访谈一样好,可以评估是什么使一个人容易感染HIV,还有哪些人应该接受测试,它不可避免地会错过人们。 纸。

他说:“当[传输]是匿名的,或者他们不知道某人的身份时,我们会想念他们。”公共卫生官员还可能会怀念县界以外的人,因为所谓的伴侣追踪在该辖区结束。

合作伙伴访谈也可能会产生误导。例如,空姐盖恩·杜加斯(GaétanDugas)长期以来在美国的HIV流行病中被称为“零病人”。但 分子追踪 2016年所做的研究表明,杜加斯病毒不是美国流行病的起源。

因此,疾病预防控制中心决定使用与杜加斯流行病相同的分子侦查方法,并将这些结果叠加到卫生工作者在访谈中收集的数据上。他们的想法是,他们将首先在印第安纳州爆发中对其进行测试,然后再向全国公共卫生部门免费提供该技术,该技术使用多个程序并考虑了合作伙伴的采访。

DNA追踪发现该病毒在印第安纳州斯科特县移动时发现了七个不同的主要突变,其中包括五个或更少的人组成的较小集群以及三个可能没有关联的新亚组。

寻找艾滋病毒的指纹

巴塞罗那的艾滋病疫苗研究人员费利佩·加西亚(FelipeGarcía)博士说,艾滋病毒是非常适合这种侦探工作的一种病毒,因为它会迅速变异。

他说:“一个人的艾滋病毒变异性高于一个季节内世界上所有流感的变异性。” “当您感染艾滋病毒时,您不会感染一种病毒。您会感染大量病毒。”

研究人员知道,如果病毒DNA序列密切相关,那么这些感染是有联系的。他们还知道,与更远距离相关的感染是在疫情爆发的早期或更晚发生的。他们使用另一项测试,估计了感染的最新程度。将这些结果与鞋革流行病学结果结合在一起,就可以得到最终的可视化效果。

坎贝尔和他的团队发现的东西有时令人惊讶。例如,他们发现祖先病毒(一种开始流行的病毒)属于一名在十年前感染了艾滋病毒的人。

另外,有些人被认为与疾病暴发同时被诊断出是该疾病的一部分,但遗传数据表明并非如此。

研究人员还想弄清楚哪些危险因素(例如共用针头或无保护的性行为)有助于传播病毒,因此他们也将这些因素进行了标绘。

最初的感染者大多不注射毒品,但确实有两个以上的性伴侣。但是它们仅占感染的1%。

接下来,该病毒跃升为受影响最大的人群:共用针头的人。

但是后来又朝另一个方向发展:说他们与举报用毒品或金钱进行性交易的人共用针头的人。这是一个发现:那些用性来换取固定费用或住宿地点,但不一定是商业性工作者的人,被证明是这一流行病的驱动因素之一。

坎贝尔说,地图显示了该疫情可能已被阻止的多个时间和地点。 “这可以帮助我们将来做出回应。”

预警信号

可视化效果给埃默里大学的流行病学家Patrick Sullivan留下了深刻的印象。 Sullivan在AIDSVu.org上工作,AIDSVu.org是另一个艾滋病毒可视化工具,可绘制最大未治疗需求的位置以及服务的位置。通常,它们不会重叠。

他说:“随着(新感染)人数的下降,真正有针对性和尽可能有效地帮助找到受艾滋病毒感染的人并使他们得到护理将变得越来越重要。” “这是令人振奋的新篇章。”

但是其他人并不那么相信。印第安那州的医生库克在那场艾滋病暴发中为许多人提供了治疗。他说,他不需要DNA序列就能看到它的到来。

他对统计数据不屑一顾:奥斯丁所在的斯科特县, 在该州的丙型肝炎发病率中排名第二,可以反映出注射器共享。 2014年,斯科特县他是药物中毒死亡人数的第三高 -药物过量的标志-直到爆发中的大多数人都已被感染之前,没有注射器访问程序。斯科特县有 最低的生活质量 根据罗伯特·伍德·约翰逊基金会的数据

库克说,更重要的是,该地区在衡量儿童虐待和忽视方面处于该州的前三名-这是与儿童不良经历相关的标志 更高的注射毒品使用率和HIV诊断.

库克说,在这次疫情爆发的每一步中,官员本可以在没有DNA图谱的情况下进行干预。如果那个早期的艾滋病毒感染者能够获得治疗,那么最初传播该病毒的风险就可以忽略不计。如果有注射器访问程序,那么针头共享将会减少,甚至注射药物也不会传播病毒。如果有足够的精神保健,人们对儿童创伤的处理方式可能会有所不同。他说,如果成瘾治疗更容易获得,那么像Truvada这样的艾滋病毒预防工具随处可见-所有这些都可能使疫情恶化。

库克点 转到另一篇CDC论文,这是自2016年以来的一个州,列出了主要位于阿巴拉契亚州的220个县,这些县面临着与奥斯汀类似的HIV爆发风险。

“如果我们已经知道哪些社区处于危险之中,为什么我们不做更多的事情呢?”他说。 “艾滋病不仅危在旦夕。传染性的皮肤病(与重复使用注射器有关)。OD死亡。乙型肝炎和丙型肝炎,还有很多其他事情。关注的重点不应该只是下一次HIV爆发,而是帮助处于危险中的人们不会生病和死亡那么多。我们可以在实验室中不做任何花哨的测试的情况下做到这一点。这对于跟踪事物非常有用,但是我们有真正的人正在死亡。”

希瑟·博纳是匹兹堡的卫生保健和科学记者,也是《 正面负面:爱,怀孕和科学对艾滋病的惊人胜利。她在Twitter上: @HeatherBoerner.

 

这个故事最初发表在NPR Shots上,经许可后转载。

标签: 治疗, 预防, 吸毒

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